Статья посвящена изучению теоретических и методологических аспектов совершенствования механизма функционирования свободных экономических зон. На основе проведенного анализа автором предлагается уточненное понятие «свободная экономическая зона», классификация свободных экономических зон, позволяющая определить экономическую и социальную эффективность функционирования, возникающую вследствие сравнительного анализа между регионами России. На основе сравнительного анализа между регионами, автор аргументирует целесообразность функционирования зон с особым экономическим статусом, предлагает их оценки на основе факторного метода.