В статье рассматриваются апробированные механизмы государственного контроля над освоением бюджетных средств в системе среднего профессионального образования Астраханской области. В условиях финансово-экономического кризиса роль государственного аудита в системе управления бюджетными организациями усиливается в направлении эффективности использования бюджетных ресурсов, полученных организациями из разного рода источников. В статье определены направления аудиторского контроля в целях анализа и оценки эффективности сметных расходов и раскрываются алгоритмы решения практических задач государственного аудита.